ارزیابی بیان ژن‌های HMGA2 و SMARCA5 در سلول‌های 4T1 در معرض متوتروکسات: مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی و تجربی

Abstract

پیش‌زمینه و هدف: سرطان پستان یکی از جدی­ترین تهدیدکننده‌های حیات انسان است و بعد از سرطان ریه به‌عنوان دومین سرطان شایع در میان زنان مطرح است. هدف از پژوهش حاضر ارزیابی بیوانفورماتیکی و تجربی تأثیر متوتروکسات بر بیان ژن­های HMGA2 و SMARCA5 در رده سلولی 4T1 سرطان پستان، تیمار شده با داروی متوتروکسات می­باشد. مواد و روش‌ کار: برای انجام این مطالعه، ابتدا داده‌های میکروآرایه از پایگاه داده GEO جمع‌آوری‌شده و با استفاده از جعبه‌ابزار شبکه عصبی (PNN) در نرم‌افزار MATLAB 2018a آنالیز شد. در مرحله­ی بعد، پرایمر­های ویژه ژن­های HMGA2 و SMARCA5 طراحی شدند. سمیت سلولی متوتروکسات روی رده سلولی 4T1 به روش MTT ارزیابی شد. و درنهایت تأثیر دارو بر بیان ژن­های­ HMGA2 و SMARCA5 به روش Real-time PCR ارزیابی شد. یافته‌ها: نتایج حاصل از آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که متوتروکسات سطح بیان ژن­های HMGA2 و SMARCA5 را به ترتیب کاهش و افزایش داد. ارزیابی سمیت سلولی با استفاده از آزمون MTT نشان داد که متوتروکسات زنده‌مانی سلول­های 4T1 را به‌صورت وابسته به غلظت دارو کاهش داد و همچنین در غلظت µg/ml 208 رشد 50 درصد از سلول­ها مهار می­شود. نتایج مربوط به Real-time PCR نشان داد که سطح بیان ژن­ HMGA2 به‌طور معنی­داری (p≤ 0.05) کاهش یافت، این در حالی است که بیان ژن SMARCA5 به‌صورت معنی­داری (p≤0.05) افزایش یافت که با نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی همخوانی دارد. بحث و نتیجه‌گیری: نتایج به‌دست‌آمده پیشنهاد می­کند که ژن­های HMGA2 و SMARCA5 احتمالاً به‌عنوان ژن­های هدف متوتروکسات در درمان سرطان پستان استفاده شوند. البته برای تأیید یافته­های این پژوهش مطالعات بیشتری باید انجام گیرد.