شناسایی بیومارکرهای تشخیصی در سرطان کلیه با استفاده از آنالیز داده‌های RNAseq و تایید آنها به واسطه‌ی qRT-PCR

Abstract

زمینه و هدف: کارسینوم سلول کلیوی شفاف ccRCC) (Clear cell renal cell carcinoma, شایعترین تومور بدخیم کلیه است و نرخ مرگ‌ومیر بالایی دارد. پاتوژنز این سرطان پیچیده است و بیومارکرهای کارآمد برای تشخیص و پیش‌بینی آن محدود هستند. هدف این مطالعه شناسایی ژن‌های پیش‌بینی‌کننده در ccRCC از طریق تحلیل بیوانفورماتیک و تأیید آزمایشگاهی آنها بود. روش بررسی: مطالعه حاضر از نوع مورد- شاهدی بود که نمونه‌گیری از بیماران و افراد سالم از بیمارستان لبافی‌نژاد تهران طی بازه مهر 1401 تا فروردین 1403 انجام شده و مراحل آزمایشگاهی روی نمونه‌ها در آزمایشگاه دکتر رستگار واقع در خیابان دکتر قریب، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران آغاز گردید. در ابتدا از طریق بیوانفورماتیک ژن‌های با بیان متفاوت در بیماران ccRCC با استفاده از داده‌های پروفایل بیان ژن از پایگاه داده Gene expression omnibus (GEO) با شماره GSE213324 شناسایی شدند. تحلیل داده‌ها با وب سرور Galaxy انجام شد و برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین با نرم‌افزارهای Cytoscape و STRING app بررسی گردید و پس از بررسی موارد دیگر، در نهایت، دو ژن برای آزمایش Real-time PCR انتخاب شدند. یافته‌ها: تحلیل بیوانفورماتیک منجر به شناسایی 4065 ژن با بیان متفاوت در بافت‌های RCC نسبت به بافت‌های سالم شد. این ژن‌ها در مسیرهای مرتبط با پاسخ‌های ایمنی و بیماری‌های کلیوی نقش دارند. پس از ترسیم شبکه برهم‌کنش پروتئین-پروتئین و شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت در بافت کلیه و خون، دو ژن MTTP و CALCA برای بررسی انتخاب شدند. در آزمون Mann-Whitney U test بیان ژن CALCA در گروه بیماران به‌طور معناداری (05/0P<) کاهش یافت، اما کاهش بیان ژن MTTP معناداری نداشت. نتیجه‌گیری: کاهش بیان ژن CALCA می‌تواند به‌عنوان بیومارکری مفید برای تشخیص ccRCC مورد استفاده قرار گیرد.