ارزیابی بیوانفورماتیک و شناسایی نواحی اپی توپی پروتئین F ویروس بیماری نیوکاسل

Abstract

ویروس بیماری نیوکاسل (NDV)، یکی از خطرناکترین عفونت های ویروسی را در بسیاری از پرندگان ایجاد می­کند. مرگ و میر بالا و خسارت های اقتصادی زیاد، حاصل آلودگی به این ویروس است که در حال حاضر درمانی ندارد. ذخیره طبیعی این ویروس در بین پرندگان و گاهی غیر پرندگانی مانند حیوانات مزرعه باقی می­ماند. در کشورهایی مانند ایران، این ویروس به یک وضعیت پایدار رسیده است. همچنین، این ویروس از طریق پرندگان مهاجر منتقل می­شود. پروتئین F ویروس نیوکاسل یکی از عوامل مهم در بیماری­زایی و تعیین سویه های بیماری­زای این ویروس محسوب می شود که دارای نواحی مهمی در تعیین میزان بیماری­زایی، تعیین میزان همجوشی ویروس و نکروز بافتی می باشد. در مطالعه حاضر، با بررسی محاسباتی پروتئین Fویروس نیوکاسل، برخی ویژگی­های مربوط به پروتئین، مانند ناحیه شکست و نواحی اپی توپی مهم و حفاظت شده در ایمنی زایی پروتئین، گونه های آلوده در منطقه خاورمیانه و ویژگی­های فیزیکوشیمیایی پروتئین مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که پروتئین F ویروس نیوکاسل دارای نواحی بسیار محافظت شده می­باشد و همچنین همولوژی بالایی بین توالی ها مشاهده می شود. با وجود حضور حداکثری سویه­های بیماری­زا در ناحیه خاورمیانه، سویه های غیر بیماری­زا هم در ذخیره طبیعی این ویروس دیده می شوند. در این پژوهش با بررسی جامعی که انجام شد نواحی مهم در ایمنی­زایی و ایجاد اپی توپ ها، شناسایی شدند که می­تواند در توسعه واکسن­های نوترکیب علیه این ویروس، مورد استفاده قرار گیرد.