همسانه سازی و توالی یابی ژن پروتئین غشای خارجی ompf سالمونلا تیفی عامل حصبه در باکتری اشریشیاکلی اوراگامی

Abstract

زمینه و هدف: سالمونلا تیفی از خانواده انتروباکتریاسه، باسیل گرم منفی و عامل ابتلا به بیماری‌های گوارشی از جمله حصبه می‌باشد. این باکتری دارای ساختار ویژه و ژن‌های مختلف از جمله ژن پروتئین غشای خارجی (ompf) می‌باشد. مطالعات اخیر امکان استفاده از ompf را در ساخت واکسن حصبه تشخیصی نشان داده است. به همین جهت هدف از انجام این تحقیق همسانه سازی و توالی یابی ژن ompf سالمونلا تیفی عامل حصبه در باکتری اشرشیاکلی اوراگامی به منظور دستیابی به واکسن می‌باشد. روش کار: نمونه برداری از افراد مبتلا به حصبه طی 4 ماه از بخش عفونی مراکز درمانی در استان تهران انجام شد. پس از شناسایی و انجام تست‌های اختصاصی بیوشیمیایی، سالمونلا تیفی جداسازی و استخراج DNA صورت گرفت. سپس از طریق آزمون PCR سویه‌های سالمونلا تیفی واجد ژن ompf استخراج شد. ژن ompf سویه‌های مثبت از طریق وکتور به باکتری میزبان اشرشیاکلی الحاق و از طریق تکنیک TA کلونینگ کلون شدند. در پایان از طریق تکنیک Real time PCR میزان بیان ژن‌ها در اشرشیا کلی اوراگامی سنجیده شد. برای رسم درخت فیلوژنی از نرم‌افزار clustalX و Mega5 استفاده شد. یافته‌ها: از مطالعه تحقیقی-مقطعی نمونه‌های بالینی ارسالی به آزمایشگاه که براساس خصوصیات مورفولوژیک، میکروسکوپی و تست‌های بیوشیمیایی تعیین هویت شده بودند در مجموع 12 ایزوله سالمونلا تیفی جداسازی شد و از این تعداد تنها یک ایزوله دارای ژن ompf بود. پس از کلونینگ، ژن‌های ompf، سویه‌های کلون شده کلنی سلکشن (آبی/سفید) جداسازی شدند. به منظور تایید نتایج کلونینگ DNA، از کلنی‌های مشکوک استخراج و توسط آزمون Real time PCR گردید. تصاویر توالی یابی، m13 و منحنی تکثیر، بیان ژن در باکتری اشریشیاکلی اوریگامی را تایید کرد. نتیجه‌گیری: در این مطالعه با ارزیابی ژنومی سالمونلا تیفی جدا شده از افراد مبتلا به حصبه، ژن ompf با پتانسیل ایمن سازی و به منظور ساخت واکسن از این باکتری استخراج گردید و کلونینگ با موفقیت صورت گرفت. در نهایت با بررسی درخت فیلوژنی رسم شده در این مطالعه میزان تشابه و خویشاوندی گونه سالمونلا تیفی با سایر گونه‌ها نشان داده شد.